程序化交易作為一種投資方式，一種交易形勢,曾經被人們稱之為自助銀行，能穩賺不賠。但超頻交易、打手續費等一些稱呼也一直讓人們對其指責頗多。但是，專業人士卻認為，程序化交易只是作為投資者的一種工具，它能不能贏利，完全取決于投資者自己的投資理念，程序化交易未必是一種高頻交易，有些基于長線的投資策略的程序化交易模型，可能有時候一個月才交易一次。

程序化交易是把投資者的投資策略或者交易思路形成電腦語言，通過電腦的運算并發出交易指令，然后由操作者自己下單形成半自動交易或完全電腦下單來實現全自動交易。所以，程序化交易的實質上是在于投資者的投資策略實現程序化的過程，程序本身只是一種輔助工具，它能幫助投資者矯正投資者交易策略的任意性、交易思路的多變性，幫助投資者迅速發現并捉住投資市場上瞬間出現的各種交易機會。現實中，投資者使用程序化交易模型的盈利情況并不一樣，殘次不齊，有的還出現虧損，這也就更能反應出程序化交易對投資者而言只能作為一種輔助工具，并不能起到決定性的作用。

雖然在一些程序化行業人士看來，程序化交易肯定會導致高頻交易。但上海中期創新部負責人朱軍則認為，這事實上讓人們對程序化交易的認識邊的狹隘了，并且也很容易使人們把程序化交易誤會成高頻交易。但事實上，程序化交易更多的理解應該是對交易規則和交易理念深入認識，而電腦在此過程中，只是充當了工具的作用。
 
同樣也有一些觀點認為，高頻交易只是程序化交易中的一小部分，并不能代表全部。我們不能排除投資市場上有高頻交易的投資方式，把高頻交易理念編成程序，高頻進行無風險套利操作。我們卻不能認為這是程序化交易涵義的全部。興業期貨總經理夏錦良和朱軍都認為，投資者使用程序化交易，并不一定是進行高頻交易，而且日內短線交易的客戶也不一定要用程序化交易。而且，程序化交易短時間內捕捉到期現基差擴大并采取行動進行套利，這讓基差始終保持在合理范圍之內，起到平復市場劇烈波動的作用，所以我們認為程序化交易完全有存在的必要。